비상장 법인이나 스타트업에서 주식매수선택권을 받은 임직원이 행사를 앞두고 가장 많이 하는 오해가 있습니다. 주식을 팔아서 현금이 들어와야 세금을 낸다고 생각하는 것입니다. 실제로는 권리를 행사해 주식을 손에 쥐는 순간 이미 과세가 시작됩니다. 부여한 회사 쪽에도 같은 시점에 원천징수 의무가 생깁니다.
핵심 정리
- 주식매수선택권 행사이익은 주식을 팔기 전, 권리를 행사하는 시점에 과세됩니다.
- 주식매수선택권 행사이익은 행사 당시 시가에서 행사가액을 뺀 금액입니다.
- 재직 중에 행사하면 근로소득, 퇴직한 뒤에 행사하면 기타소득으로 나뉩니다.
- 부여한 법인은 행사 시점에 원천징수 의무를 지므로 미리 준비해야 합니다.
세금은 행사할 때 나옵니다
주식매수선택권 행사이익에 대한 과세 시점은 주식을 처분한 때가 아니라 권리를 행사한 때입니다. 행사가액 5,000원짜리 권리를 시가 30,000원인 시점에 행사하면, 주당 25,000원이 소득으로 잡힙니다. 주식을 그대로 들고 있어도 마찬가지예요.
여기서 현금흐름 문제가 생깁니다. 소득으로 잡힌 금액은 서류상 이익이지 통장에 들어온 돈이 아닙니다. 특히 비상장주식은 사 줄 사람을 찾기가 어려워요. 세금 낼 현금을 따로 마련해야 합니다. 행사 물량과 시기를 나눠서 정하는 것이 실무에서 중요한 이유가 여기 있습니다.
행사이익은 권리를 써서 생긴 이득을 말합니다. 쉽게 말하면 싸게 살 권리를 행사해서 실현된 금액이고, 그 금액에 세금이 붙습니다.
재직 중 행사와 퇴직 후 행사는 세금 종류가 다릅니다
같은 주식매수선택권 행사라도 행사하는 사람이 그 회사에 남아 있는지에 따라 소득 구분이 달라집니다. 소득 구분이 달라지면 세율과 신고 방법이 같이 바뀝니다.
| 행사 시점의 신분 | 소득 구분 | 회사의 원천징수 | 개인의 신고 |
|---|---|---|---|
| 재직 중인 임직원 | 근로소득 | 있음 | 연말정산에 합산 |
| 퇴직 후 행사 | 기타소득 | 있음 | 종합소득세 신고 |
| 고용관계 없는 외부 자문 | 기타소득 또는 사업소득 | 있음 | 종합소득세 신고 |
퇴직하면서 주식매수선택권을 그냥 두고 나오는 경우가 있습니다. 회사 규정상 퇴직 후 일정 기간 안에 행사할 수 있게 열어 둔 곳이 많아요. 이때 행사하면 근로소득이 아니라 기타소득이 됩니다. 회사에 이미 소속돼 있지 않아 연말정산 대상이 아니므로, 다음 해 5월에 본인이 종합소득세 신고를 해야 합니다.
실무상으로는 퇴직하는 경우, 아예 주식매수선택권을 박탈해버리는 경우도 종종 있어요. 따라서 회사와 체결한 주식매수선택권 계약서를 잘 봐야 합니다.
주식을 팔 때도 세금을 내야 합니다.

두 번 내는 것이 맞아요. 다만 같은 이익에 두 번 매기는 것은 아닙니다.
행사할 때 이미 소득세를 낸 금액, 즉 행사 당시 시가가 그 주식의 취득가액이 됩니다. 나중에 팔 때는 판 금액에서 그 취득가액을 뺀 차액에만 양도소득세가 붙습니다. 행사 시가 30,000원인 주식을 40,000원에 팔았다면 양도차익은 10,000원입니다.
그래서 행사하고 곧바로 파는 경우에는 양도차익이 거의 없어요. 반대로 행사만 해 두고 몇 년 뒤 값이 오른 다음에 팔면 그 상승분에 양도소득세가 붙습니다. 어느 쪽이 유리한지는 회사의 상장 계획과 본인의 다른 소득까지 봐야 정해집니다.
벤처기업 스톡옵션은 특례가 있습니다.
벤처기업이 부여한 주식매수선택권에는 일반 법인과 다른 과세특례가 있습니다. 요건을 갖추면 행사이익 일부를 비과세로 두거나, 세금을 여러 해에 걸쳐 나눠 낼 수 있습니다. 근로소득 대신 양도소득으로 과세받는 길도 열려 있습니다.
다만 특례는 벤처기업 확인, 부여 절차, 행사 기간, 한도가 모두 맞아야 적용됩니다. 부여 당시 주주총회 결의와 계약서가 없거나 상법상 절차를 제대로 지키지 못한 계약 이었다면, 적용받을 수 없습니다. 부여 단계에서 미리 확인해 두는 편이 안전합니다.
비과세를 받아도 4대보험은 과세됩니다.
벤처기업 특례로 소득세를 내지 않게 되어도 4대보험까지 같이 비과세가 되지 않습니다. 보험마다 근거 법령의 문구가 달라서 결과가 나뉩니다.
| 보험 | 행사이익 포함 여부 | 근거 문구 |
|---|---|---|
| 건강보험 | 제외 | 소득세법에 따른 비과세 근로소득 |
| 고용보험 | 포함 | 소득세법 제12조 제3호에 따른 비과세 근로소득 |
| 산재보험 | 포함 | 고용보험과 동일 |
건강보험은 「소득세법에 따른 비과세 근로소득」이라고 포괄적으로 적어 두어서 조세특례제한법에 따른 비과세도 건강보험료 과세대상에 해당하지 않는 걸로 법원에서 결론을 냈습니다.
반대로 고용보험과 산재보험은 소득세법 제12조 제3호만 보험료가 부과되지 않는다고 열거하고 있어 벤처기업 주식매수선택권 비과세는 고용보험 대상에 포함됩니다.
부여한 회사가 놓치는 두 가지
첫 번째는 원천징수입니다. 임직원이 주식매수선택권 행사를 하면 회사는 그 달의 급여와 함께 원천징수를 해야 합니다. 그런데 회사 통장에서 나간 돈이 없다 보니 급여대장에 잡히지 않고 지나가는 경우가 있어요.
두 번째는 비용 처리입니다. 회사가 부담한 금액은 요건을 갖추면 법인의 손금으로 처리할 수 있습니다. 가장 많이 놓치는 부분중 하나입니다. 일반적인 중소기업은 중소기업 회계기준을 쓰고, 주식매수선택권 행사이익에 대한 회계처리는 별도로 비용처리 되는 회계처리가 아닙니다.
따라서 법인세 신고 시 별도로 비용을 반영해주어야 합니다. 이렇게 되면 회계상 비용은 0원이 잡히지만, 세법상 비용은 더 반영되어 법인세가 줄어드는 효과가 있습니다.
자주 묻는 질문
행사만 하고 주식을 팔지 않아도 세금을 내나요
내야 합니다. 과세 시점은 행사한 때이고 처분 여부와 무관합니다. 현금이 들어오지 않은 상태에서 세금을 내야 하므로 행사 시기를 나눠서 잡는 경우가 많습니다.
회사는 무엇을 해야 하나요
행사한 달에 원천징수를 하고, 회사가 부담한 금액의 손금 처리를 확인해야 합니다. 또한 벤처기업 비과세 특례를 적용받으려면 회사와 임직원 모두 준비해서 세무서에 제출해야 될 서류가 있어, 해당 서류를 꼼꼼히 챙겨야 합니다.
정리
주식매수선택권(스톡옵션) 행사이익은 주식을 판 때가 아니라 행사한 때 과세됩니다. 재직 중 행사는 근로소득, 퇴직 후 행사는 기타소득으로 나뉘며 신고 방법이 달라집니다. 부여한 회사는 행사한 달의 원천징수와 법인세 신고 시 손금 처리를 확인해야 합니다. 벤처기업 비과세를 받더라도 고용보험과 산재보험에서는 행사이익이 빠지지 않습니다.
행사 시기와 물량, 벤처기업 특례 적용 여부는 부여 단계에서 정해지는 부분이 많습니다. 에이펙스 세무회계가 제공하는 세무기장·자문에서는 부여 계약 검토부터 행사 시점의 원천징수와 결산 반영까지 함께 확인해 보시기 바랍니다.
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