건강기능식품 사업은 공장을 직접 짓기보다 OEM 전문제조업체에 생산을 맡기고 자기 상표로 파는 방식으로 많이 시작합니다. 실제 사업이 제조업에 해당하는지 도소매업에 해당하는지에 따라 적용할 수 있는 세액감면이 달라집니다. 사업자등록이 실제 사업 내용과 맞는지 확인해야 하는 이유입니다.
핵심 정리
- 건강기능식품 OEM 브랜드사는 식약처 영업 구분으로 유통전문판매업입니다.
- 창업중소기업 세액감면은 직접 기획, 자기 명의 제조, 직접 판매를 갖춘 국내 위탁생산을 제조업으로 봅니다.
- 해외 공장에 맡긴 건강기능식품은 3가지 요건을 갖춰도 창업감면의 제조업이 아닙니다.
건강기능식품 OEM 브랜드사는 식약처에서 유통전문판매업에 해당합니다
건강기능식품을 팔려면 먼저 식약처 기준의 영업 종류를 정해 신고하거나 허가를 받습니다. 건강기능식품에 관한 법률 시행령은 영업을 아래처럼 나눕니다.
| 영업 종류 | 하는 일 |
|---|---|
| 건강기능식품전문제조업 | 공장을 갖추고 직접 제조 |
| 건강기능식품벤처제조업 | 벤처기업이 전문제조업체에 위탁해 제조 |
| 건강기능식품일반판매업 | 완제품을 사서 판매 |
| 건강기능식품유통전문판매업 | 전문제조업체에 의뢰해 만든 제품을 자기 상표로 판매 |
| 맞춤형건강기능식품판매업 | 소분·조합한 제품을 판매 |
OEM으로 자기 브랜드 제품을 파는 회사는 대부분 유통전문판매업입니다. 쉽게 말하면 식약처는 이 회사를 제조업자가 아니라 판매업자로 본다는 뜻이에요.
다만 식약처 영업 구분과 세금 감면에서 보는 업종은 기준이 따로 있습니다. 세금감면 규정은 식약처 신고서의 이름보다 실제로 누가 제품을 기획하고 누구 이름으로 만들어 누가 팔았는지를 봐요. 그래서 건강기능식품 세무사는 영업신고증보다 실제 기획·생산 구조를 먼저 확인해야 합니다.
OEM 건강기능식품이 창업감면에서 제조업으로 인정되는 조건
창업중소기업 세액감면에서는 직접 만들지 않고 제조업체에 맡겨 만드는 사업도 아래 3가지를 모두 갖추면 제조업으로 봅니다. 근거는 조세특례제한법 시행령 제5조 제6항과 시행규칙 제4조의2입니다.
- 생산할 제품을 직접 기획합니다. 제품 고안, 디자인, 견본 제작이 여기에 들어갑니다.
- 제품을 자기 명의로 제조합니다.
- 완성된 제품을 인수해 자기 책임으로 직접 판매합니다.
맡긴 제조업체의 사업장은 국내에 있어야 합니다. 미국이나 호주 공장에 맡겨 수입한 건강기능식품은 3가지를 다 갖춰도 창업감면에서 제조업이 아니에요.
이 3가지 요건은 창업중소기업 세액감면에서 위탁제조를 제조업으로 인정하는 기준입니다.
실무에서 주된 쟁점은 첫 번째 요건입니다. 제조업체가 가진 표준 배합을 그대로 고르고 라벨만 바꿨다면 직접 기획으로 보기 어렵습니다. 원료 구성과 함량을 정한 기록, 제품 사양서, 패키지 디자인 시안, 견본 검토 메일을 모아 두어야 기획을 했다는 사실을 보여줄 수 있어요.
업종에 따라 받을 수 있는 세액감면이 달라집니다
건강기능식품을 어떻게 만들고 어디서 파느냐에 따라 감면이 아래처럼 달라집니다.
| 구분 | 창업감면 대상 업종 해당 여부 | 중소기업특별세액감면 (소기업) |
|---|---|---|
| 제조업 (국내 위탁생산, 3요건 충족) | O | 표준산업분류상 제조업이면 수도권 20% · 수도권 밖 30% |
| 통신판매업 (온라인 판매) | O | 10% |
| 일반 도소매업 (매장·도매) | X | 10% |
표의 O는 업종 요건에 해당한다는 뜻입니다. 실제로 감면을 받으려면 새로 창업했는지, 중소기업인지 같은 다른 요건도 갖춰야 합니다.
창업중소기업 세액감면은 조세특례제한법 제6조가 정한 업종에만 적용됩니다. 제조업과 통신판매업은 들어가 있고, 매장이나 도매로 파는 일반 도소매업은 빠져 있어요. 온라인으로만 판다면 OEM 요건을 못 갖춰도 통신판매업으로 창업 감면을 검토할 수 있습니다. 감면율은 업종이 아니라 창업 지역과 대표 나이에 따라 정해져요.
중소기업특별세액감면은 업종에 따라 감면율이 다릅니다. 소기업 기준으로 도소매업은 10%이고, 제조업은 수도권 20%, 수도권 밖 30%입니다. 법인은 본점이 수도권에 있으면 모든 사업장을 수도권으로 보고 감면율을 정합니다.
업종코드를 잘못 잡았다면?
사업자등록을 도소매업으로 했더라도 과거에 실제로 3가지 요건을 갖춘 위탁제조였다면 경정청구로 5년 안의 세금을 다시 검토할 수 있습니다. 업종코드만 바꾼다고 과거 세금이 돌아오지는 않습니다. 그 기간에 실제로 제조업 요건을 충족했는지가 중요하고, 세무서 입장에서는 이미 받은 세금을 돌려주는 일이라 입증 자료를 꼼꼼하게 봅니다.
감사원 심사결정(감사원 2024-331, 2026. 3. 5.)도 같은 취지의 판례입니다.
사업자등록을 도매업으로 했고 위탁제조계약서에 원료를 제조업체와 합의해 정한다고 적혀 있던 건강기능식품 브랜드사를, 원료 함량을 직접 지정한 기록을 근거로 위탁제조업으로 인정해 주었어요. 세무서의 경정청구 거부처분도 취소됐습니다. 등기부·사업자등록증의 기재나 계약서 한 조항보다 실제로 누가 제품을 기획했는지를 먼저 본 결정입니다.
저희가 계약서와 함께 실제 기획·제작 자료, 매입 세금계산서 등 거래 자료를 확인하는 이유입니다.
OEM 제품을 온라인으로 팔면서 통신판매업으로 신고해 온 사업자도 3가지 요건을 갖췄다면 창업감면에서는 제조업에 해당합니다. 다만 이미 통신판매업으로 창업중소기업 세액감면을 받고 있다면, 제조업에 해당하더라도 추가로 돌려받을 세금이 없을 수 있습니다. 두 업종 모두 창업감면 대상 업종이기 때문이에요.
다만 제조업 해당 여부를 검토할 때는 소득세·법인세 감면뿐 아니라 부가가치세에서 따로 확인할 부분도 있기 때문에 모든걸 종합해서 결정해야 합니다.
자주 묻는 질문
해외에서 완제품을 수입해 자기 상표로 팔면 제조업인가요
창업감면에서는 제조업이 아닙니다. 위탁제조를 제조업으로 보는 규정은 국내 제조업체에 맡긴 경우만 인정합니다. 수입해서 파는 사업은 도소매업이고, 온라인으로 판다면 통신판매업으로 봅니다.
정리
직접 기획했다는 기록은 제품을 만들 때 남기지 않으면 나중에 다시 만들기 어렵습니다. 그래서 건강기능식품 세무사에게 업종 검토를 받기 좋은 시점은 OEM 계약을 맺기 전후입니다. OEM 계약 전후로 업종과 감면 가능성을 같이 정하고 싶으시면 에이펙스 세무회계가 제공하는 세무기장 · 자문으로 문의해 주세요.
